Trzecia odsłona serii "Silent Hill" jest ściśle powiązana z częścią pierwszą. Podobnie jak u swych poprzedniczek gra składa się z trzech głównych elementów: wędrówki, walki oraz rozwiązywaniu zagadek. Akcja toczy się 17 lat po wydarzeniach z "jedynki". Tym razem główną bohaterką jest nastolatka o imieniu Heather. Po koszmarnym śnie dziewczyna budzi się w restauracji w centrum handlowym. Próbując wydostać się z tego miejsca spotyka dziwnego człowieka, który twierdzi, że wie wiele o jej tajemniczej przeszłości. Heather ucieka od niego. Osamotniona i zagubiona, próbując znaleźć drogę do swojego domu, nieświadomie coraz bardziej zagłębia się w mroczny i niebezpieczny świat, który ją otacza...